Filogenetik
VIP VIP Üye
Filogenetik
Genomik bilgi kullanılarak canlılar arasındaki ilişkileri ve moleküler düzeydeki benzerlikleri anlamlandırmaya çalışan biyoloji bilimidir. Canlılar arası bu genomik benzerliğin biyolojik olarak nelere tekabül ettiğine dair çıkarımlarda bulunmak da bu bilimin konusudur. Şimdilerde bilgisayar teknolojisine paralel gelişen bu devasa bilimi bir yazıya indirgemek imkansızdır. Joe Felsenstein 2004 yılında yayınladığı kitabında bu tarihe kadar sadece Filogenetik alanında farklı metodlar üzerine yayınlanmış olan 3000’den fazla akademik makalenin varlığından bahsetmiştir. Bu durumda burada sunulan bilginin filogenetiği öğrenmek için kafi gelmeyeceği açıktır. Ancak çok özet de olsa sunulan bilginin faydası olacağı muhakkaktır.
Canlılar arasındaki genom benzerlikleri DNA ya da protein dizileri kullanılarak yapılır. Bu dizilere ait bilginin özetlenmesi ve görsel olarak anlaşılabilmesi için Filogenetik ağaçlar üretilir ve kullanılır. Bu ağaçlar genellikle oldukça karmaşık metotlar ile elde edilirler.
DNA’nın sekans bilgileri yahut da markör bilgileri; proteinlerin ise proteini oluşturan aminoasit zincir bilgileri karşılaştırılmada ve filogenetik ağaç yapımında kullanılır. İlk olarak canlılar arası benzerliklerin moleküler formülasyonu olarak ortaya çıkan alan daha sonraları doğal hayatın korunmasından adli tibba varana dek, biyolojinin hemen her alanında kullanılmaya başlanmıştır. Örneğin aminoasit dizilimi bilinen ancak fonksiyonu bilinmeyen bir protein başka proteinlerle karşılaştırılarak benzerlik ağaçları oluşturulabilir ve eldeki proteinin olası fonksiyonları bu yolla tahmin edilebilir. Bilinmektedir ki değişik canlılara ait genom süratle sekanslanmaktadır (DNA'nın nükleotid baz şifresi çözülmektedir). Bu da beraberinde birçok proteinin aminoasit dizilim bilgisini ortaya çikarmaktadir. Ne var ki bu kadar hızlı bulunan proteinlerin teker teker fonksiyonun bulunması hayli zor ve zaman almaktadır. Filogenetik ağaçlar bulunan bu yeni proteinlerin fonksiyonel sınıflandırmalarında oldukça kullanışlıdır.
Filogenetik sınıflandırmalar ayrıca ekonomik açıdan önemli kültür bitkilerinde eldeki genetik kaynakların daha profesyonelce kullanılabilmesi için gerekli genetik bilginin temininde; ıslah metotlarının uzun zaman içerisinde canlıların genomik yapısında meydana getirdiği değişikliklerin mahiyeti ve bu değişikliklerin eriştiği nokta hakkında bilgi edinmede de oldukça yaygın olarak kullanılmaktadırlar.
Filogenetikte farklı metotların kullanımı değişik akademisyenler tarafından bir din gibi savunulmaktadır. Bunun en temel sebeplerinden bir tanesi filogenetikte tek ve kesin bir sonucun olmamasıdır. Özellikle DNA’nın çok hızlı sekanslanması beraberinde bir bilgi deryasını getirmiştir. Var olan tüm bilginin kullanılması hesaplama olanakları ve teknikleri açısından imkânsızdır. Mevcut bilgisayar programlarının en güçlüleri, en hızlı bilgisayarlarla haftalarca çalışarak makul sayılabilecek bir sonuca ulaşmaktadır. Bunun temel sebebi artan birim( gen, protein, tür, popülasyon vs) sayısının muhtemel ağaç sayısını geometrik olarak arttırmasıdır. Örneğin 3 farklı birim sadece 3 farklı ağaç oluşturabilir. Birim sayısı dörde çıktığında ağaç sayısı 15, birim sayısı beşe çıktığında 105; elli birim ile mümkün farklı ağaç sayısı
olacaktır. Sayının büyüklüğünü bir kere daha düşünün.
Sponsorlu Bağlantılar
Canlılar arasındaki genom benzerlikleri DNA ya da protein dizileri kullanılarak yapılır. Bu dizilere ait bilginin özetlenmesi ve görsel olarak anlaşılabilmesi için Filogenetik ağaçlar üretilir ve kullanılır. Bu ağaçlar genellikle oldukça karmaşık metotlar ile elde edilirler.
DNA’nın sekans bilgileri yahut da markör bilgileri; proteinlerin ise proteini oluşturan aminoasit zincir bilgileri karşılaştırılmada ve filogenetik ağaç yapımında kullanılır. İlk olarak canlılar arası benzerliklerin moleküler formülasyonu olarak ortaya çıkan alan daha sonraları doğal hayatın korunmasından adli tibba varana dek, biyolojinin hemen her alanında kullanılmaya başlanmıştır. Örneğin aminoasit dizilimi bilinen ancak fonksiyonu bilinmeyen bir protein başka proteinlerle karşılaştırılarak benzerlik ağaçları oluşturulabilir ve eldeki proteinin olası fonksiyonları bu yolla tahmin edilebilir. Bilinmektedir ki değişik canlılara ait genom süratle sekanslanmaktadır (DNA'nın nükleotid baz şifresi çözülmektedir). Bu da beraberinde birçok proteinin aminoasit dizilim bilgisini ortaya çikarmaktadir. Ne var ki bu kadar hızlı bulunan proteinlerin teker teker fonksiyonun bulunması hayli zor ve zaman almaktadır. Filogenetik ağaçlar bulunan bu yeni proteinlerin fonksiyonel sınıflandırmalarında oldukça kullanışlıdır.
Filogenetik sınıflandırmalar ayrıca ekonomik açıdan önemli kültür bitkilerinde eldeki genetik kaynakların daha profesyonelce kullanılabilmesi için gerekli genetik bilginin temininde; ıslah metotlarının uzun zaman içerisinde canlıların genomik yapısında meydana getirdiği değişikliklerin mahiyeti ve bu değişikliklerin eriştiği nokta hakkında bilgi edinmede de oldukça yaygın olarak kullanılmaktadırlar.
Filogenetikte farklı metotların kullanımı değişik akademisyenler tarafından bir din gibi savunulmaktadır. Bunun en temel sebeplerinden bir tanesi filogenetikte tek ve kesin bir sonucun olmamasıdır. Özellikle DNA’nın çok hızlı sekanslanması beraberinde bir bilgi deryasını getirmiştir. Var olan tüm bilginin kullanılması hesaplama olanakları ve teknikleri açısından imkânsızdır. Mevcut bilgisayar programlarının en güçlüleri, en hızlı bilgisayarlarla haftalarca çalışarak makul sayılabilecek bir sonuca ulaşmaktadır. Bunun temel sebebi artan birim( gen, protein, tür, popülasyon vs) sayısının muhtemel ağaç sayısını geometrik olarak arttırmasıdır. Örneğin 3 farklı birim sadece 3 farklı ağaç oluşturabilir. Birim sayısı dörde çıktığında ağaç sayısı 15, birim sayısı beşe çıktığında 105; elli birim ile mümkün farklı ağaç sayısı
olacaktır. Sayının büyüklüğünü bir kere daha düşünün.Tanrı varsa eğer, ruhumu kutsasın... Ruhum varsa eğer!
