Ergenekon davası, İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından yürütülen soruşturma neticesinde İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'ne verilmesi Ağır Ceza Mahkemeleri tarafından kararlaştırılan 2007/1536 Soruşturma 2008/968 Esas ve 2008/623 İddianame numaralı dosya 25 Temmuz 2008'de kabul edilmiş ve davanın ilk duruşması 20 Ekim 2008 tarihinde Silivri Cezaevi içindeki adliyede yapılmıştır.
Ergenekon davasınının ilk duruşması 20 Ekim 2008’de Avrupa’nın en büyük cezaevi olan Silivri Ceza İnfaz Kurumları Yerleşkesi’ndeki adliyede görülmek üzere başlandı ancak yapılacak olan ilk duruşma gerekli tedbirler Adalet Bakanlığı ve ilgili Mahkeme tarafından sağlanamadığı için, tutuksuz sanıkların ayrı yargılanması ara kararı verilerek erteledi. (Mahkeme salonunda kimlik tespiti yapılamadığı için duruşma olarak kayda geçilmemesine ve yok sayılmasına ilşkin talep bir sonraki oturumda sanık avukatları tarafından heyete iletilmiştir.) Soruşturmayı yürüten üç Cumhuriyet savcısından Mehmet Ali Pekgüzel ile Nihat Taşkın mahkeme savcısı olarak yargılama boyunca duruşmalara katılacak. İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesinin bakacağı davanın mahkeme heyeti başkan Köksal Şengün ile üyeler Kemal Can ve Hasan Hüseyin Özese'de oluşuyor. Ayrıca duruşmalarda, ilk olarak Hrant Dink suikastı davasında kullanılan görüntülü ve sesli kayıt sistemi kullanılıyor.
İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi 10 Temmuz 2008 gün ve 1536/2007 numaralı soruşturma evrakı üzerinden 623/2008 sayılı; 47'si tutuklu 86 şüpheli hakkında hazırlanan 441 klasör, 2455 sayfadan ve oluşan Ergenekon iddianamesi ile ilgili incelemesini 25 Temmuz 2008 Cuma günü tamamlayarak iddianamenin kabulüne karar verdi. Mahkeme ayrıca dava ile ilgili tutuklananların farklı infaz ve tutukevlerinde bulunmalarını dikkate alarak, bütün tutuklu sanıkların Silivri Ceza İnfaz Kurumları Kampüsü'ne nakledilmesine karar verdi. İddianamede, Danıştay saldırısında öldürülen hakim Mustafa Yücel Özbilgin maktül, yaralanan Mustafa Birden, Ayla Gönenç, Ayfer Özdemir ve Ahmet Çobanoğlu mağdur olarak geçiyor.
Ergenekon davasında 2. iddianame 10 Mart 2009 salı günü İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'ne gönderildi. 19'u tutuklu 37'si tutuksuz toplam 56 şüpheli hakkında iddiaların yer aldığı İddianame 1909 sayfa olarak hazırlandı. 2. iddianame 25 Mart 2009 Çarşamba günü kabul edildi. Davanın ilk duruşması 20 Temmuz 2009 da yapılacak.