Koenzim:
Apoenzimi aktifleştirerek, reaksiyonu gerçekleştirirler.
Substratın kimyasal bağlarına etki eden moleküllerdir.
Koenzim kısmı inorganik maddelerden oluşabilir.
Koenzimler apoenzimlere göre daha küçük maddelerdir.
Bir apoenzim sadece bir koenzimle çalışırken, bir koenzim birden fazla apoenzimle çalışabilir.

Apoenzim:
Enzimin protein yapıdaki kısmına apoenzim denir.
Apoenzim kısmıyla enzim çeşitliliği sağlanır.
Amino asit sırası ve sayısı apoenzim kısmıyla ilgilidir.
Enzimin türünü ve etkileyeceği substrat maddesini apoenzim kısmı tarafından belirlenir. Apoenzimler tek başına reaksiyonu gerçekleştiremez, ancak koenzim kısmıyla aktifleşerek reaksiyonu gerçekleştirirler.
Ayrıca apoenzim üzerinde substrata bağlanacağı aktif bölge bulundurur.