Cem Sultan Olayı ve bu olay sebebiyle Avrupalıların İstanbul'u geri alma ümitleri yeniden gündeme gelince II. Bayezid çok dikkatli ve barışçı bir dış siyaset takip etmek mecburiyetinde kaldı. Bununla birlikte kendisi gerektiğinde savaştan çekinmedi ve Osmanlı Devleti'nin sınırlarını genişletti. II. Bayezid'in tahtta kaldığı süre, hemen hemen babası Fatih Sultan Mehmet ile eşitti (yaklaşık 30 yıl). Fatih bazen iki senede bir sefere çıktığı halde, oğlu Bayezid yalnız 5 kere sefere çıktı. Padişahların bizzat başkumandanlık ettiği bu seferlere Osmanlılar tarafından Sefer-i Hümayun adı verilmiştir.
et etti.

Büyük İstanbul Depremi tasviri


45 gün kadar, aralıklarla devam eden bu deprem, İstanbul sakinlerini sürekli bir heyecan içinde yaşattı. Çorum halkının üçte ikisi, şehirlerindeki toprak kaymaları yüzünden yarılıp açılan topraklar içinde hayatını kaybetti. Yine bu esnada Gelibolu istihkâmları da yıkıldı. Sultan II. Bayezid'in doğduğu şehir olan Dimetoka bir toprak yığını hâlini aldı.
Sultan Bayezid, bu deprem nedeniyle devletin ikinci başkenti olan Edirne'ye gittiyse de İstanbul depreminden 15 gün sonra Edirne'de İstanbul'dakinin benzeri olan ve aynı şiddette bir deprem daha meydana geldi. Mimar Hayreddin, 15 gün içinde Padişah için Edirne'de ahşap bir ev yaptı. Padişah, bu ahşap evde ikamete başladı. Aynı sene Edirne'de yine benzer şiddette bir deprem daha oldu. Tunca Nehri taşarak ve yatağını da aşarak depremin yıkıntılarını kapladı. Üç gün geçit vermeyen Tunca'nın taşmasıyla da birçok insan öldü.
Bundan sonra II. Bayezid İstanbul'un yeniden imarı için neler yapılması gerektiği konusunda ilgililerle bizzat toplantılarda bulundu. Toplantılar sonunda İstanbul'da yıkılan yerleri yeniden yapmak veya tamir etmek için yirmi evden bir kişi ve ev başına yirmi ikişer akçe toplandı. Bu şekilde Anadolu'dan 37.000, Rumeli'den de 29.000 cerahor (ücretli amele) çıkarılıp 3.000 kadar mimar ve marangoz getirildi. Bunlardan başka "Yaya"lardan 8.000, "Müsellem"lerden de 3.000 kişi kireç yakmakla görevlendirildi. 29 Mart 1510'da başlayan imar faaliyetleri 65 günde sona erdi. Bu inşaat ve tamiratta, İstanbul surlarından başka Galata'daki mahzenler, Galata Kulesi, Kız Kulesi, Rumeli ve Anadolu hisarları ve fenerlikleri, Çekmece köprüleri ile Silivri kalesi gibi önemli yerler de vardı. Sultan II. Bayezid'in bu çabaları üzerine İstanbul kısa bir sürede adeta yeniden inşa edilmiş oldu. Bu inşaat, bütünüyle Mimar Hayreddin'in nezareti altında yapıldı. İnşaatın tamamlanmasından sonra hükümdarın emri üzerine üç gün ve gece, fakirlere yemek dağıtıldı.[21]
Şahkulu isyanı [değiştir]

Ana madde: Şahkulu İsyanı Şah İsmail'in Anadolu'da Şii propagandası yapmakla görevlendirdiği kişi, Türk asıllı olmakla birlikte kökeninin Anadolu mu yoksa İran mı olduğu tam olarak bilinmeyen Şah Kulu adı verilen biriydi. İran'dan kıyafet değiştirterek binlerce Türkmen'i Anadolu'ya sokan Şahkulu, Kütahya'ya kadar sokuldu. Şehirdeki Osmanlı kuvvetleri dağıtıldı. II. Bayezid o sıralarda oğlu Şehzade Şehenşah'ın vefatından dolayı çok üzgündü. Aslında dedesi II. Murat gibi tahtı büyük oğlu Şehzade Ahmet'e devretmek arzusundaydı. Kendisi de Şehzade Ahmet taraftarı olan Vezir-i Azam Ali Paşa, Şahkulu'nu yoketme görevinin Şehzade Ahmet'e verilmesini istedi. Böyle bir başarı ile hem Şehzade Ahmet prestij kazanacak hem de onun tahta çıkmasına karşı olan sesler azaltılabilecekti.
Bu sıralarda Anadolu beylerbeyi Karagöz Mehmet Paşa'yı da yenen Şahkulu, Kütahya'ya girdi [22]. Bunun üzerine Amasya sancak beyi olan Şehzade Ahmet İstanbul'a çağrıldı ve başkumandan ilan edilip Ali Paşa ile birlikte Şahkulu'nun üzerine gönderilidi.
Kayseri-Sivas arasında Şahkulu ile karşılaşan Osmanlı Ordusu Gökçay Meydan Muharebesi'nde 1511 yılının Temmuz ayında Kızılbaş dedikleri Şii Türkmenleri yendiler [23]. Yalnız Ali Paşa savaşta öldü. Bu olay ile Şii meselesi o an için ortadan kalmış oldu. Şah Kulu yakalanıp idam edildikten sonra imparatorlukta sorunlar yükseldi. Şehzadeler babalarını başarısız görüp tahtı kendi aralarında mücadele ederek ele geçirmeye çalıştılar.